游戲故事發生在資源豐富的沿海都市——月森町，游戲中的妃十三學園是少女們上學的地方。她們背負著與“夜獸”戰斗的宿命。玩家作為少女們的隊長，受學院理事長所托，調查名為“吸血鬼事件”的學生拐騙案，這一過程中，玩家將被卷入不可思議的事件中。

游戲中玩家與美少女角色之間還有所謂的親密度，它可通過訓練來提升，親密度的提升可以出發更多互動環節并得到一定獎勵，這樣就會開啟新的成員背景故事和輔助成員，還能開啟新語音和更多道具。

游戲關卡分為“主線關卡”、“特殊關卡”、“活動關卡”、“天梯”和“天月試練”，在游戲初期會以主線關卡為主，以取得更多的美少女加入隊伍，以及獲得豐富的水晶，等到隊伍達到一定的強度之后，可以開始挑戰特殊關卡來獲得材料。

游戲還有特訓場，在這里可以讓玩家跟其他玩家對戰，當玩家獲勝時除了取得勝場之外，還可以取得銀幣以及機率獲得金幣，銀幣10枚可以進行一次銀幣轉蛋，而金幣1枚就可以抽一次金幣轉蛋，不妨來這邊跟其他玩家切磋一下來看看自己極限在哪里。

《妃十三學園》已正式上架 Android 平臺，同步釋出 AR 相機應用程式 。iOS 版將于近日推出，有興趣的玩家可隨時關注最新消息。